2001 startete Jimmy Wales das Wikipedia-Projekt. Wikipedia war ursprünglich nur als Vorstufe für Nupedia-Artikel gedacht, zog aber viele Akteure an und entwickelte eine große Eigendynamik. Der Erfolg führte nicht nur zur Beendigung des GNUPedia-Projektes, sondern auch von Nupedia. Bomis beendete seine Unterstützung im Januar 2002 und Larry Sanger trat kurz darauf sowohl aus dem Nupedia- als auch aus dem Wikipedia-Projekt aus.[5] In der Folgezeit wurden nur noch zwei Artikel fertiggestellt. Das Projekt wurde im September 2003 beendet. Ein Teil der Artikel wurde in die Wikipedia übernommen.