Der Film beginnt im Kanada des Jahres 1845 damit, dass James Howletts (Logans bzw. Wolverines vermeintlicher Vater) von Victor Creeds Vater getötet wird. Daraufhin zeigt sich Logans Mutation und er tötet Creed mit Knochenklauen, die aus seinen Handrücken wachsen. Während er stirbt, verrät Creed Logan, dass er sein Vater ist. Daraufhin flüchten Victor und Logan zusammen. In den folgenden Vorspannszenen sieht man die erwachsenen Brüder Logan und Victor kämpfend im Amerikanischen Bürgerkrieg, dem Ersten und Zweiten Weltkrieg und in Vietnam. Dort werden sie nach einem Angriff von Victor auf seinen Vorgesetzten zum Tode verurteilt, überleben aber dank ihrer Selbstheilungskräfte. Der Major William Stryker taucht auf und bietet ihnen an, Mitglieder in seinem Mutantenteam zu werden. Nach einer Mission in Nigeria trennt sich Logan vom Team.