Eine zweite Entwicklungslinie geht auf die Bürgerbewegung in der DDR zurück. Während der politischen Umbrüche im Herbst 1989 bildeten die Initiative Frieden und Menschenrechte, Demokratie Jetzt sowie das Neue Forum das Bündnis 90. Dieses zog bei der Bundestagswahl 1990 zusammen mit der Grünen Partei in der DDR, dem Unabhängigen Frauenverband und der Vereinigten Linken als Parlamentsgruppe in den Bundestag ein. Nachdem die Grüne Partei in der DDR schon unmittelbar nach dieser Wahl mit den westdeutschen Grünen fusioniert hatte, vollzogen Bündnis 90 und die Grünen diesen Schritt erst 1993.